都内で最初に組織された闇市は、終戦5日目にして誕生した新宿マーケットである。この闇市を作ったのは、のちに東京都露天商同業組合の理事長となる飯島一家小倉二代目関東尾津組親分尾津喜之助であった。東口では、戦中期に整備された1900坪の交通疎開空き地に闇市ができ、マーケットは1950年代末まで不法占拠のまま同時に残存して行く。一方、西口では、安田朝信率いる安田組が、戦中期に造成された駅舎建設予定地と焼跡の身内にまたがってヤミ市を作った。現在もヤミ市の面影を残す「思い出横丁」は安田組マーケットの一部である。また1950年頃に、東口の和田組マーケットの一部が戦災復興土地区画整理事業によって整理され、三光町へ移転して誕生したのが現在の新宿三光商店街（ゴールデン街の北側部分）である。